Die Kilnaughton Bay ist eine kleine Bucht an der Südküste der schottischen Hebrideninsel Islay. Sie befindet sich etwa zwei Kilometer westlich des Fährhafens Port Ellen. Mittig mündet ein kleiner Bach, der Cornabus Burn, ein, der wenige Kilometer weiter westlich aus Loch Muchairt abfließt. Die Straße von Port Ellen nach Kilnaughton führt teilweise entlang der Kilnaughton Bay. Der Name der Bucht leitet sich von der am Ufer befindlichen Kirche Cill Neachdain ab. Die Bucht ist etwa 800 m breit und schneidet 250 m tief ins Land. Im Süden von Kilnaughton Bay liegt die Ortschaft Kilnaughton.